表面和平的东京地下,存在着一个代号“影军”的秘密忍者部队,他们隶属于一个不存在的政府档案。新人忍者黑铁阴差阳错被分配到了最危险的“清扫科”,任务是猎杀从古代封印中逃逸、能伪装成人类的“蚀虫”。这些蚀虫潜伏在早高峰地铁、写字楼和学校中,以恐惧为食。黑铁发现,最近蚀虫的活动异常频繁,似乎有人在有组织地解除古代封印。随着调查深入,他揭露了“影军”高层内部的叛徒——一位企图利用蚀虫发动政变的影子将军。没有高科技装备,只有手里剑、锁镰和血肉之躯,黑铁必须在完全不为公众所知的情况下,在深夜的涩谷街头、下水道迷宫中,与变异的巨大蚀虫展开一场又一场无声而惨烈的死斗。最终,他必须潜入最深处的地下神殿,面对失控的“蚀虫母体”。