第六季作为系列最终季,开篇即是纳欣诺市被外星舰队全面包围。超级少女卡拉在战斗中发现自己突然拥有了从未有过的预知能力——她能提前零点几秒看到所有子弹和能量炮的轨迹。起初她以为这是氪星体质的新进化,直到一个身穿破碎红斗篷、浑身是血的女孩从时空裂缝中跌落。那是来自平行宇宙的卡拉,那个宇宙的地球已经被毁灭,而她用自己的身体为“主宇宙”的卡拉挡下了每一次本应致命的攻击,整整挡了六年。平行卡拉请求主卡拉杀了自己,因为她每活一秒,平行宇宙的痛苦就会在两人之间共享。而反派此时揭开了真相:从一开始,就不应该存在两个超级少女。