第二季紧接第一季结尾。武藏和小次郎在击败了第一个大妖怪后,队伍里的药师——性格温和的少女杏——突然妖化,背后长出了狐狸尾巴。原来杏体内封印着九尾狐的血脉,封印即将崩溃。武藏和小次郎必须在七天内找到传说中的“净身之镜”,否则杏将被彻底吞噬。旅途中,他们遇到了一个自称能救杏的神秘僧侣,但对方要求他们用另外两个无辜孩童的妖力来交换。两个少年面临选择:牺牲少数拯救杏,还是寻找几乎不可能的第三条路。