第三季开篇,幸存者因是否离开岛屿分裂。杰克带领一组人寻找“兰花站”试图引爆氢弹制造闪回;洛克则坚信岛屿选中了他们,带领另一组深入岛屿最深处,竟发现了一座埋藏在地下的史前外星文明遗迹。两条时间线开始诡异重叠:在杰克的世界里,洛克已死;而在洛克的探险中,杰克从未上过飞机。最终,两派人马在遗迹中心相遇,发现这座岛屿本身就是一个活体的“时空监狱”,而他们所有人都是囚犯。