世界已沦为荒漠,仅剩四千人类龟缩在最后的避难所。爱丽丝接到红后的讯息:48小时内回到蜂巢,就能拿到T病毒的空气传播解药。她带领幸存者杀回浣熊市,却发现蜂巢早已被威斯克的军队占据。一层层向下战斗时,爱丽丝不断闪回记忆碎片:原来她不是克隆体,而是真实人类;红后是她“女儿”的数字化意识;而保护伞公司的创始人竟是她的生父,制造丧尸狂潮是为了“净化世界”。最终爱丽丝进入核心区域,上传了解药程序,代价是红后彻底消失。当解药随风吹向大地时,爱丽丝也倒下了,却在最后一刻被苏醒的“姐妹们”(其他克隆体)救起。