爱德华和阿尔冯斯兄弟俩,因思念去世的母亲,犯下禁忌的“人体炼成”。代价是:爱德华失去左腿,阿尔失去全身,灵魂被固定在铠甲上。爱德华用右臂为代价,将阿尔的灵魂固定。为了找回失去的一切,兄弟二人踏上寻找“贤者之石”的旅程。随着深入,他们发现贤者之石并非传说,而是由无数活人灵魂炼成的。每使用一次,就意味着有人死去。爱德华陷入道德困境:用无数陌生人的命换回弟弟的肉身,值得吗?与此同时,人造人“拉斯特”等人试图通过炼金术打开“真理之门”,将世界变成炼金术的能量。最终决战,爱德华选择不使用贤者之石,而是用自己作为“人柱”打开真理之门,以自身的存在为代价,换回了阿尔的肉体和灵魂。阿尔带着失去所有记忆的爱德华,走向新的旅程,而爱德华的肉身化作真理之门前的一朵花。