第一季之后,日本主要区域已完全被四大势力瓜分,抵抗组织“八咫乌”被迫转入地下。主角椎叶海士在失去了最初的机体后,于北海道的废铁场找到了传说中的“零号机”。新机体拥有更强大的AI和“灵魂同步”系统,但也让驾驶者的精神面临崩溃风险。海士回归后发现,曾经的盟友中有人为了获得庇护,已经开始与占领军合作,建立“合作区”,并猎杀曾经的战友。海士必须在寻找失散伙伴的同时,对抗拥有更强武装的“合作区”部队。与此同时,四大势力中的某个神秘派系开始向他伸出援手,其真实目的令人不寒而栗。第二季将探讨“解放”的真正含义,以及战争中没有绝对正义的残酷现实。