距离上次骷髅岛惨剧已过去三年。生还者之一的生物学家艾玛收到了一个神秘信号,解码后竟是一段包含复杂数学公式的恐龙DNA图谱。为了证明恐龙并非只是野兽,艾玛说服前雇佣兵队长米克再次前往那座被封锁的岛屿。这次,他们发现岛中心有一个巨大的地底空洞,里面生活着一群体型较小但智商极高的“恐人”。他们建立了原始文明,并能通过腺体分泌控制巨型恐龙。首领“独眼”将艾玛一行人捕获,试图利用他们的科技知识升级武器,以对抗即将从深海苏醒的“龙祖”。米克必须联合岛上另一支偷渡进来的盗猎小队,在巨型恐龙的踩踏中完成逆袭。